Le scandale des prêtres pédophiles (en Allemagne, aux Pays-Bas, en Suisse et en Irlande) qui secoue à nouveau l’Eglise est l’occasion pour les médias de mettre en cause le pape lui-même.
Le New-York times a accusé celui qui était alors le Préfet de la doctrine de la foi d’avoir protégé un prêtre américain, auteur de nombreux abus sexuels sur des mineurs.
Le Vatican a reconnu les accusations contre ce prêtre indigne, mais a justifié la décision de maintenir son état sacerdotal au P. Murphy pour quatre raisons : le « grand âge » du prêtre ; sa « mauvaise santé » ; le fait qu'il vivait déjà « reclus » du monde ; le fait « qu'aucune allégation d'abus sexuels de sa part n'avait été enregistré depuis vingt ans ». Et à deux conditions : «retirer le Père Murphy de tout ministère public et lui demander de reconnaître la pleine responsabilité de ses actes ».
Cette affaire est intervenue deux semaines après celle qui avait visé le même Joseph Ratzinger quand il était archevêque de Munich.
A propos de la campagne médiatique contre le pape, le P. Federico Lombardi, porte-parole du Saint-Siège, a rendu publique une Note à la presse du 13 mars : « Le diocèse de Munich a amplement répondu aux questions soulevées à propos d’un prêtre transféré de Essen à Munich sous l’épiscopat du Cardinal Ratzinger, qui s’est ensuite rendu coupable d’abus sexuels. Le communiqué de presse a montré que l’archevêque était totalement étranger aux décisions à la suite desquelles ces crimes ont été perpétrés. A l’évidence, on s’est acharné ces derniers jours, à Ratisbonne comme à Munich, à rechercher des éléments susceptibles de mettre en cause le Saint-Père dans ces affaires. Objectivement, ces tentatives ont échoué. »
Présentant à la presse la "Lettre pastorale de Benoît XVI aux catholiques d'Irlande", publiée le 20 mars 2010, le même Père Lombardi a souligné que le pape y exprimait un "besoin de vérité" et de "transparence" face aux actes pédophiles de certains prêtres irlandais. Cette lettre montre "la douleur" et l'"engagement personnel" de Benoît XVI afin de "contribuer à réparer, assainir et renouveler" l'Eglise d'Irlande.
Par ailleurs, dans son homélie de la messe du dimanche des Rameaux, le Saint-Père a indirectement fait allusion aux attaques dont il faisait l’objet. La foi en Dieu, a-t-il dit en substance, aide à "avoir le courage de ne pas se laisser intimider par les jacasseries médiocres de l’opinion dominante".