Door de Inquisitie zijn zeer veel protestanten ter dood gebracht.

Vele slachtoffers zijn inderdaad gevallen, hoewel het aantal veelal zeer overdreven wordt. Niet alles, wat op naam van de Inquisitie staat, komt ook voor rekening van de Katholieke Kerk. Dikwijls werd er door de politiek misbruik van gemaakt, om tegenstanders uit de weg te ruimen. Dit was o.a. het geval met Jeanne d'Arc, die tijdens de honderdjarige oorlog in Frankrijk door de Engelsen ter door werd gebracht, maar die later door de paus nog wel heilig verklaard werd. Vooral was dit het geval in Spanje. Daardoor was ook in de Nederlanden de invloed van de politiek op de kerkelijke Inquisitie groot. De Bloedraad van Alva was geheel een staatsinstelling. Onder de slachtoffers der Inquisitie waren echter ook vele Wederdopers, die, als staatsgevaarlijke revolutionaire elementen, ook door de andere protestanten ter dood gebracht werden.